Во время Великой Отечественной войны был призван в Красную Армию и направлен на учебу в Ташкентское пулеметно-минометное училище г. Чирчик.
В 1943 в боях в Днепропетровской области 17-летний рядовой, наводчик орудия 280-го гвардейского стрелкового полка 92-й гвардейской стрелковой дивизии Киселев помог отразить атаку противника и уничтожил вражеский танк, несколько машин и два взвода пехоты врага.
На участке у села Лиховка у немцев было превосходство в силах, им удалось потеснить наших пехотинцев, и полковая батарея оказалась без прикрытия стрелков. Артиллеристы не дрогнули, но в неравной схватке понесли потери — расчеты трех орудий вышли из строя. Киселев, после ранения сержанта оставшийся за него, в этой сложной обстановке не растерялся. Он взял командование в свои руки, оперативно готовил данные для стрельбы, корректировал огонь. Артиллеристы под его руководством отразили три контратаки противника, не дали его танкам обойти с фланга позиции полка. За этот подвиг в 1944 году красноармейцу Киселеву присвоили звание Героя Советского Союза и вручили орден Ленина.
В мае 2000 года на Параде Победы он в колоне ветеранов Великой Отечественной войны вновь прошёл по брусчатке Красной площади Москвы.
До ухода на заслуженный отдых Яков Митрофанович работал преподавателем кафедры философии сельскохозяйственного института. В 2005 году удостоен звания «Почетный гражданин Курска».
12 марта 2018 года Якова Митрофановича Киселёва не стало. На доме, в котором проживал Герой, установлена мемориальная доска.
Фото из архива.